在正在旅行的小智一行人面前，突然出现了一个笼罩着白烟的庞然大物从天而降落在他们的面前，落下的震荡和冲击导致四周一片混沌在白烟和尘土中出现的是一个巨大的身影——正是梦幻之神奇宝贝ボルケニオン。 在远离人烟的浓雾高原上，和被人类伤害过的神奇宝贝们共同生活的ボルケニオン，实际上非常讨厌人类。无视小智一行人匆忙离去的ボルケニオン，立即准备离开，但从天而降的冲击使奇妙的装置把它和小智粘在一起，两位无法分开。束手无策的ボルケニオン只好拖著小智继续跑去。 在另一个地方，巨大的齿轮在四面八方持续转动着。超级机械都市水银王国的大臣贾维斯获得了长年索求的究极发明。这就是500年前在王国诞生却早已失踪的由人制造的神奇宝贝—マギアナ，和在マギアナ身体内潜藏的名为“灵魂之心”的未知力量。贾维斯想要利用这个力量支配王国，ボルケニオン想要把在浓雾高原被带走的マギアナ抢回来，叫道：“果然人类罪不可恕！” 最终时刻，紧紧相连的ボルケニオン和小智，究竟是否能够合力救出マギアナ吗？紧接着，潜藏在“灵魂之心”中的真正力量是什么？就是现在，神奇宝贝史上最炽热的战斗即将开始！